Das Verfahren startet - wie alle Rechtsetzungsverfahren der ersten Säule - mit dem Vorschlag der Kommission. Sowohl Rat als auch Parlament führen dazu eine sogenannte "Erste Lesung" durch. Einigen sich die beiden dieser Phase (Zustimmung zum Vorschlag der Kommission oder Einigung auf Abänderungsvorschläge des Parlaments), so wird der Rechtsakt erlassen.
Schlägt das Parlament Änderungen zum Vorschlag der Kommission vor, denen der Rat nicht zustimmen will, so geht das Verfahren in die nächste Stufe. Diese beginnt mit dem Beschluss eines gemeinsamen Standpunktes des Rates, der dem Parlament übermittelt wird. Auf dieser Grundlage führt das Parlament eine "Zweite Lesung" durch, die in drei unterschiedliche Varianten abgeschlossen werden kann:
- das Parlament billigt den gemeinsamen Standpunkt des Rates, wodurch die Rechtsakt erlassen ist;
- das Parlament lehnt den gemeinsamen Standpunkt des Rates ab, wodurch das Rechtsetzungsverfahren endet und die Initiative der Kommission scheitert.
- das Parlament schlägt Änderungen zum gemeinsamen Standpunkt des Rates vor.
Entschließt sich das Parlament zur dritten Variante, so geht das Rechtsetzungsverfahren wieder an den Rat, der nun seinerseits eine zweite Lesung durchführt. Er hat dabei zwei verschiedene Entscheidungsmöglichkeiten:
- billigt er die Abänderungsvorschläge des Parlaments, so ist der Rechtsakt erlassen.
- billigt er die Abänderungsvorschläge des Parlaments nicht bzw. nicht alle, so tritt ein Vermittlungsausschuss aus Parlamentsabgeordneten und Rat zusammen.
Kommt der Vermittlungsausschuss zu keiner Einigung, so ist das Rechtsetzungsverfahren gescheitert. Kommt es zu einer Einigung, so wird diese sowohl dem Rat als auch dem Parlament vorgelegt. Beide Organe müssen dem Ergebnis zustimmen, damit der Rechtsakt erlassen werden kann.